En términos generales, la triple hélice es una modalidad de innovación abierta o, al menos, se refiere a una política de apertura de la innovación a actores que en el pasado no se consideraban como componentes del ecosistema de innovación. Los autores del concepto de triple hélice explican que la diferencia fundamental entre los dos conceptos es que la innovación abierta es un modelo de gestión top down: la estrategia se define desde los altos niveles directivos de la organización (la empresa que desea innovar); de acuerdo con la misma perspectiva, la triple hélice sería una modalidad de gestión bottom up: el proceso de innovación se inicia desde la base y asciende hasta alcanzar la cúspide de la pirámide.
Además, se suele aceptar que la triple hélice corresponde a un marco participativo de gestión de la innovación.